一般的な参拝の流れである。ただし、神社によっては作法が異なる事がある。多くの場合、その旨の表示がある。
参拝を行う日は毎月1日と15日が良いとされる。参拝する前に、本来は神の前に向かう前に心身を清める禊が必要である。これは神が「穢れ」を嫌うとされる事によるが、現代であれば、一般参拝では入浴・シャワー等で身体を清潔にしてから参拝する心がけが望ましい。神社に到着し、鳥居をくぐる際は「一揖（身体を45度折り曲げる会釈）」するのが望ましい。この時に服装もきちんと整えるようにする。
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次に手水舎にて手水を使い、手口を洗う。これは拍手と祝詞を行なう手口（更には心）を清める意味合いを持つ、一つの禊である。手水の作法としては、
まず柄杓を右手で持って水をすくい、その水を左手にかけて清める。
同様に柄杓を左手に持ち替え、右手を洗い清める。
柄杓を再度右手に持ち替え、すくった水を左手に受けて溜め、この水で口をすすぐ。終わったら再度左手に水をかけて洗う。口をすすぐ際には口が直に柄杓に触れないようにする。
これらが終わった後、使った柄杓を洗い清めるが、この時は水を入れた柄杓を立て、柄に水を流すようにして洗う。柄杓を洗うのには次の人のための配慮という意味合いもある。
洗い終わった柄杓は元の位置に伏せて置き、最後に口と手を拭紙やハンカチ等で拭う。
なお、巫女の補助が付く場合には、作法は巫女の指示に従うようにする。手水を使い終わったら拝礼を行う為に参道を通り神前へと向かうが、その際に参道の中央は避けて歩く事が望ましい。これは参道の中央が「正中」と呼ばれ、神の通る道とされている事によるもの。神前では、まず神への供物として賽銭箱に賽銭を奉納する。次に賽銭箱の近くにある鈴鐘を鳴らすが、これには邪気を払う、音色で神を呼び寄せて儀式を始める為の合図（例えば「神様が他所を向いているかもしれないので自分に注目させる」と子供向けに説明する神社もある）等の意味合いがあるとされる。
鈴鐘を鳴らした後に拝礼を行う。拝礼の基本的な作法は「二拝二拍手一拝」である。即ち、
拝（直立姿勢から身体を90度折り曲げる礼）を二度行う
拍手を二度打つ。
より具体的には、両手を胸の高さで揃えて合わせ、右手を下方向に少し（指の第一関節ほど）ずらし、その状態で両手を二度打ち合わせて音を出し、ずらした右手を再び揃えて祈念を込め、最後に両手を下ろす
再度一拝する（祝詞を奏上する場合は奏上した後に行う）
というもの。二拝二拍手一拝の前後に一揖を行うとより望ましい。祈願を行う場合は、二拍手と一拝の間に居住地および氏名と願い事を（声に出して、あるいは心の中で）陳べるのが一般的となっている。またお礼を述べたい場合も同様である。かつて拝礼の作法は各神社によって様々だったが、現在の二拝二拍手一拝に統一されたのは明治期の神仏分離によるものである。ただし、現在でも一部の神社では作法が異なっており、例えば出雲大社や宇佐八幡宮では「四拍手」である。
なお、参拝の際に御神酒を頂ける場合は頂く。神にお供えした御神酒を頂く事により、神の御加護があるとされる（ただし、その後車を運転する必要がある場合は控えること。何らかの容器に入れておき、帰宅後に頂いても良い）。