靖国神社では、戦没者としていったん合祀されたものの後になって生存していることが明らかになった場合、祭神簿に「生存確認」との注釈を付けるにとどめ、霊璽簿は削除・訂正しない。この処置は、横井庄一や小野田寛郎、そして韓国など海外の生存者についても同様である。また、この記事によれば、「死亡していない以上、もともと合祀されておらず、魂もここには来ていない」と靖国神社は説明している。言い換えれば、とりあえず死ぬのを待ってそれから改めてお祀りする、ということでもある。そういう状態を、A級戦犯の分祀の項目で例示した「廃祀」と見なすことができるかどうか。
霊璽簿を一切変更せずただ名前を追加するのみという靖国神社の態度は、生存者だけでなく内外の遺族の削除要求に対しても一貫している。
2006年9月2日付けの各紙報道によれば、朝鮮戦争中の1950年10月に米軍の要請で北朝鮮元山市沖で掃海作業中、乗船していた掃海艇が機雷に触れ爆発、殉職した海上保安庁職員（当時21）の男性遺族（79）が、靖国神社合祀を申請していたが、神社側が合祀要請を拒否していたことが明らかになった。神社側は、8月25日付回答書で「時代ごとの基準によって国が『戦没者』と認め、名前が判明した方をお祀りしてきた」、「協議の結果、朝鮮戦争にあっては現在のところ合祀基準外」とした。海上保安庁は、日本国憲法が発効していたことから、遺族に口外を禁じ、事故記録も廃棄されたという。男性遺族は「戦後の『戦死者』第1号であり、神社には再考を求めたい」と話している。なお、この職員には、戦没者叙勲はされたものの、恩給は支給されていない。
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特攻作戦に関与した海軍中枢部の将官のうち、終戦直後の8月15日に「オレも後から必ず行く（死ぬこと）」と言ってそれを実行した宇垣纏は、靖国神社に祀られていない。終戦直後に部下と共に特攻した（特別攻撃隊#宇垣纏）行為が、停戦命令後の理由なき戦闘行為を禁じた海軍刑法31条に抵触するものであり、また、無駄に部下を道連れにしたことが非難されてもおり、部下も含め戦死者（あるいは受難者）とは認められていない。しかし、特攻作戦の命令を下した人物として自決により責任を取った、と評価する有識者の中からは、靖国神社に合祀すべきとの意見が出ている。そのため郷里である岡山県護国神社の境内には、彼と部下十七勇士の「菊水慰霊碑」が建立されている。